固定相的選擇  

當面對一個未知物時，先試用現有GC柱，如果該柱分離不理想，根據你對樣品的了解，基本原則是分析物與固定相有相似化學性質時才會相互作用。這說明對樣品越了解，越容易找到合適的固定相。   非極性分子——通常僅由C和H組成并且無偶極矩，直聯（正烷）是常見的非極性化合物的例子。   極性分子——主要由C和H組成同時也有其他原子，如：N、O、P、S或鹵素。樣品包括有醇類、胺類、硫醇類、酮類、有機鹵化物等。   

可極化物質——主要由C和H組成同時包含不飽和鍵。通常有：炔和芳香族化合物。   如果你的樣品是具有相似的化學性質的非極性組分的混合物，比如大多數石油餾分中的烴，你可以試用OV-1毛細管色譜柱，它按沸點順序分離。如果你懷疑有芳族化合物，試著用有苯基的SE-52或SE-54柱。   

極性或可極化組分樣品能夠在中極性和/或可極化固定相色譜柱上進行分析，如有苯基或類似基團固定相，比如OV-17或OV-225柱。如果需要更高極性，可以選用聚乙二醇（G）固定相，即通常所說的WAX固定相。  1.2膜厚選擇   薄膜比厚膜洗脫組分快、峰分離好、溫度低。   一般而言，色譜柱的膜厚為0.25到0.5μm。對于流出達300℃的大多數樣品（包括蠟、甘油三脂、甾族化合物等）能夠很好的分析。對于更高的洗脫溫度，可以用0.1μm的液膜。而厚液膜對于低沸點化合物有利，對于流出溫度在100℃～200℃之間的物質，用1～1.5μm的液膜效果較好。超厚膜（3～5μm）用于分析氣體、溶劑和可吹掃出來的物質，以增加樣品組分與固定相的相互作用。另一個選擇厚膜的原因是當用大口徑柱時保持分離度和保留時間。由于這個原因，大口徑柱都只有厚膜。厚膜的流失較大，溫度極限必須隨膜厚度增加而下降。